Το Μουσείο παρουσιάζει την ιστορία του Διδυμοτείχου σε μια παράλληλη αφήγηση ξεκινώντας από τον 2ο αι. μ.Χ. όταν ιδρύθηκε στον λόφο της Αγίας Πέτρας η Πλωτινόπολη από τον αυτοκράτορα Τραϊανό. Οι επισκέπτες θα γνωρίσουν πως το Διδυμότειχο ήταν μία από τις σημαντικότερες πόλεις του Βυζαντίου και αποτέλεσε σε διάφορες περιόδους διοικητική και στρατιωτική βάση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Έγινε πρωτεύουσα του Βυζαντίου τρεις φορές και είναι το μέρος όπου διάλεξε να στεφθεί αυτοκράτορας ο Ιωάννης Καντακουζηνός διαδεχόμενος τον Ανδρόνικο Γ ‘.